停放二号机原型机的机房中，实验室中大量的电子屏上显示着测试者的各项身体数据。而明日香在所有的克隆体制中，拥有着最好的身体素质。即便没有受过系统性的训练，身体素质也如同是久经训练的战士一般。
这是解开了基因锁之后，体内的基因对自身的身体进行了自行调整。不光是身体素质，包括身材和容貌也都会进行优化，如果能够进行对比的话就会发现两次轮回之中。碇真嗣和明日香都比上一次轮回稍微好看了一些。
这种优秀的身体素质在同龄人之中，可以说是独一无二的，但光是有这一点是不够的，真正能否驾驶二号机，最重要的还是取决于与二号机之间的同步率。
虽然训练可以将同步率提升少许，但这东西更多的是取决于天生，天生的同步率如果不够高的话，就算再怎么训练，也难以成为一名合格的驾驶员。
而随着同步的开始，明日香与二号机之间的同步率起初相当之低，几乎是无法同步的状态，通常情况下，只有内心比较封闭的孩子，才会和机体有比较高的同步率。
但随着神经连接的深度加深，二号机与明日香的精神开始有了较为紧密的连接和碰撞，这让明日香下意识感到了危险，与此同时，一直以来都沉寂着的基因锁这个时候却突然爆发了出来。
随着基因锁裂开一道缝隙，明日香的潜力被部分的开发了出来，与此同时，原本一直维持在百分之十以下的同步率飞快标准，只是眨眼间就突破了一半，紧接着直奔百分之九十而去，这是经过了专业的训练之后都难以达到的同步率，直逼百分之百。
同时只是一个血肉骨架的二号机，竟然缓缓的动了起来，眼看竟然要从固定它的架子上挣脱下来。
“不好！同步率过高，快断开连接。”
负责监控连接深度的工作人员满头冷汗：“不行，断开失败，无法执行紧急协议，驾驶员有着强烈敌意，我们对她内心的窥探似乎被他当成了一种攻击！”
“那就快点启用备用预案！释放液氮，将机体冰冻。”站在最高处的实验负责人当机立断，下达了紧急措施的命令。
与此同时，二号机所在的房间之中大量液氮喷射出来。这些用奇怪生物的血肉制造的机甲本身就拥有着失控的危险，因此在实验设施之中，时刻都有保护措施。
第三新东京市的保护措施是坚固的合金防御墙壁，即便是失控的零号机，疯狂的对墙壁进行攻击，也无法打破。而德国的实验基地采用的就是大量的液氮。效果更加显著。
在超低温之下，分子热运动的强度降低到了一个极低的程度，二号机就算是想要发起攻击，身体也被彻底冻住，无法移动。
随后明日相与二号机之间的连接被物理切断，现在的明日香还不至于做到那种站在机甲之外都能够远程控制的程度，因此物理连接切断之后，二号机很快就平静了下来。
在紧急情况处理完毕之后，所有人都是惊喜的看着有些迷茫的从驾驶舱中爬出来的明日香，没有经过训练就可以将同步率提升到这种程度，甚至是在没有穿戴作战服的情况下，就完成了对二号机的启动和驾驶，这简直就是天生的驾驶员。
和她相比，就算是明日香的本体也不算什么了，于是明日香顺利的成为了二号机的第一适格者，而随后的训练更是给在场的科学家们一个巨大的惊喜。
明日香展现出来的不只是极高的同步率，同时还对各种战斗技巧一学就会，虽然还是一个小学生的模样，但就算是成年人在她面前，也走不过几招就会被制服。
而随着更多的训练，明日香原本就非常优秀的身体素质，也在这个过程中变得更加优秀，全方位的素质都不逊色于该领域中最优秀的运动员。
在对战模拟的测试之中，打败了难度最高的人工智能，更是没有任何人能够在模拟测试之中，和她的对战之中取得胜利。
所有人都相信明日香将成为最优秀的驾驶员，至于与此同时，初号机的驾驶员这边……
碇唯亲自与初号机进行同步实验，而在实验的过程中，意外发生，碇唯的同步率骤然提高到了百分之四百，实验室之中全都是一片红色的警报。
但这个时候就算是停止实验也做不到了，工作人员紧急弹出了插入栓，可将插入栓打开之后，里面空空如也，碇唯已经彻彻底底的融入到了初号机之中，灵魂成为了初号机的一部分。
年幼的碇真嗣虽然在基地之中生活，但却并没有目睹这一幕，只是他的直觉已经强到了一定程度，本能的预感到今天会有不好的事情发生，凭借自己的记忆，很快就找到了实验室所在的位置，然后就看到他的父亲脸上露出了前所未有阴沉的表情，那眼神不论是看向任何人，都会带来恐惧。
碇真嗣平静的看着那双眼睛，同时也从中读出了许多东西，他的母亲在实验的意外之中永远的消失了，原著中碇真嗣根本不清楚自己的母亲是如何消失的，很可能就是因为这时受到的冲击太大，导致了记忆失去。
但这次碇真嗣对每一个细节都记得一清二楚，在他的父亲将他赶出去之前，就已经飞快扫了一遍实验室中所有的屏幕，并且将实验室中所有人的对话清晰的听在耳朵中记下来。
而此时他已经是双眼一片茫然的状态，母亲的消失父亲的异样表现对他的刺激终于让他第一次解开了基因锁。
解开基因锁之后获得的不只是战斗本能，人的记忆力，理解能力，学习能力，都将提高到一个常人难以企及的地步，在这种状态下，人类会全方位的变成超人，几乎没有任何弱项。
而这状态也不只能用来战斗，同样可以用来记忆，碇真嗣记住了这房间中的一切，包括屏幕上的每一个图像。桌面上的每一个文件，上面的每一个字符。
即便他现在还不认识所有字，还无法理解这一切，但却已经将这一切牢牢的记在了脑子之中，当他能够读懂这些东西，并且理解他们的时候，他就能够从回忆之中将细节翻找出来，搞清楚今天究竟发生了什么？